北京师范大学首都教育经济研究院成立于2003年，是根据教育部与北京市政府共建北京师范大学决定精神组建的，以教育经济学为学科依托，集人才培养、学术研究、咨询服务为一体的教学研究机构，其前身是1996年我校成立的教育经济研究中心。2012年，经北京市哲学社会科学规划办公室和北京市教育委员会批准，依托首都教育经济研究院设立北京市哲学社会科学首都教育经济研究基地。
北京师范大学是国内最早开展教育经济学教学和研究的高校之一。20世纪80年代初在北京师范大学教育系、经济系组建了教育经济学研究组和研究室，1996年学校设立教育经济研究中心。2003年成立首都教育经济研究院，2012年成立获准为北京市哲学社会科学首都教育经济研究基地。1984年和1996年在国内率先获准教育经济学硕士和博士学位授予权。2003年教育经济与管理学科被评为北京市重点学科，2007年成为国家重点学科。
经过近30多年的发展，研究院积聚了雄厚的师资力量。王善迈、靳希斌、曲恒昌等老一辈学者，袁连生、赖德胜、杜育红等中青年骨干，以及一批年轻的新秀组成了北京师范大学教育经济学研究团队。国内唯一的教育经济学学术团体——中国教育学会教育经济学分会设在我院，王善迈教授担任理事长，靳希斌教授和杜育红教授分别担任副理事长，另有5人担任常务理事和理事。
目前研究院有专职研究人员17人，其中教授8人、副教授5人、讲师4人。其中，教育部“长江学者”特聘教授1人，国家“百千万人才工程”人选1人，教育部“新世纪优秀人才支持计划”获得者3人，北京市优秀人次资助计划1人。